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ag百家乐直播 分子对接可视化 | Pymol可视化配体-受体复合物

         发布日期:2024-08-25 05:21    点击次数:194

布景先容

之前咱们评释了如何使用Dockey进行分子对接过火Pymol的下载装配,不会的径直看这篇推文——Dockey 进行化合物及卵白之间的亲和力推断和Pymol莳植免费版块的下载装配。

今天咱们来先容一下如何对对接完成的配体受体复合物进行可视化。

可视化教程

1.在咱们完身分子对接之后,Dockey是这么的界面

2.径直右击保存配体-受体复合物

3.将pdb文献拖拽到Pymol

4.怒放等于这个容颜

第1张图片

1.选中化合物分子,点击(sele)中的C

2.诱骗化合物的样式

3.选中化合物分子,点击(sele)中的A-find-polar contacts-to others excluding solvent,这么化合物与卵白之间的氢键就裸显露来了

5.点击配体-卵白复合物中的C,by element-选个卵白的样式

6.诱骗图片差别率,在高唱框中输入ray 2000

7.点击菜单栏中的File-Export Image As-PNG

8.遴荐Save PNG image as

9.定名图片即可

10.同期保存一个pymol文献,便捷后续修改

第2张图片

1.点击配体-卵白复合物中的S底下的surface,即可裸露卵白的合座结构

2.对透明度进行修改,菜单栏-Setting-Transparency-Surface

3.然后把合座位置调遣一下,径直导出图片和保存文献

第3张图片

1.选中配体-卵白复合物中的S,点击sticks,好奇等于裸露卵白的键

2.选中与氢键伙同的卵白上的键,一语气遴荐按住Shift

3.遴荐配体-卵白复合物中的H,底下的sticks,AG百家乐能赢吗好奇等于取消卵白上的化学键

4.遴荐(sele)中的S,底下的sticks,好奇等于裸露选中的sticks

5.不息遴荐(sele)中的L中的residues,好奇等于裸露这些残基的称呼

6.遴荐右下角的选项,改为裁剪,这么就按住Ctrl+鼠标,就不错迁徙残基称呼的位置了。完成后,遴荐3-Button Viewing。

7.点击菜单栏中的Wizard-Measurement,选中残基伙同的一端+Shift+点击另一端,这么就测出来氢键之间的距离。完成之后点击Done即可

8.菜单栏-Setting-Label,进行字体秩序、大小、样式的诱骗

9.点击菜单栏-Setting-Transparency-Cartoon,诱骗卵白的透明度,突显化合物过火卵白残基的伙同

10.最终导出图片过火pymol文献即可

图片整合

1.怒放PPT,将图片放进去进行整合

2.加一些虚线框,最终成图

3.飞速来学习一下吧!ag百家乐直播



 
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