布景先容 之前咱们评释了如何使用Dockey进行分子对接过火Pymol的下载装配,不会的径直看这篇推文——Dockey 进行化合物及卵白之间的亲和力推断和Pymol莳植免费版块的下载装配。 今天咱们来先容一下如何对对接完成的配体受体复合物进行可视化。 可视化教程 1.在咱们完身分子对接之后,Dockey是这么的界面 
2.径直右击保存配体-受体复合物 
3.将pdb文献拖拽到Pymol 
4.怒放等于这个容颜 
第1张图片 1.选中化合物分子,点击(sele)中的C 
2.诱骗化合物的样式 

3.选中化合物分子,点击(sele)中的A-find-polar contacts-to others excluding solvent,这么化合物与卵白之间的氢键就裸显露来了 


5.点击配体-卵白复合物中的C,by element-选个卵白的样式 
6.诱骗图片差别率,在高唱框中输入ray 2000 
7.点击菜单栏中的File-Export Image As-PNG 
8.遴荐Save PNG image as 
9.定名图片即可 
10.同期保存一个pymol文献,便捷后续修改 
第2张图片 1.点击配体-卵白复合物中的S底下的surface,即可裸露卵白的合座结构 

2.对透明度进行修改,菜单栏-Setting-Transparency-Surface 

3.然后把合座位置调遣一下,径直导出图片和保存文献 第3张图片 1.选中配体-卵白复合物中的S,点击sticks,好奇等于裸露卵白的键 
2.选中与氢键伙同的卵白上的键,一语气遴荐按住Shift 
3.遴荐配体-卵白复合物中的H,底下的sticks,AG百家乐能赢吗好奇等于取消卵白上的化学键 
4.遴荐(sele)中的S,底下的sticks,好奇等于裸露选中的sticks 
5.不息遴荐(sele)中的L中的residues,好奇等于裸露这些残基的称呼 
6.遴荐右下角的选项,改为裁剪,这么就按住Ctrl+鼠标,就不错迁徙残基称呼的位置了。完成后,遴荐3-Button Viewing。 

7.点击菜单栏中的Wizard-Measurement,选中残基伙同的一端+Shift+点击另一端,这么就测出来氢键之间的距离。完成之后点击Done即可 

8.菜单栏-Setting-Label,进行字体秩序、大小、样式的诱骗 

9.点击菜单栏-Setting-Transparency-Cartoon,诱骗卵白的透明度,突显化合物过火卵白残基的伙同 
10.最终导出图片过火pymol文献即可 
图片整合 1.怒放PPT,将图片放进去进行整合 
2.加一些虚线框,最终成图 
3.飞速来学习一下吧!ag百家乐直播
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